Suatu hari dalam perjalanan ke sekolah, Suzume Iwato menemukan Souta Munakata, seorang pemuda yang sedang mencari daerah yang ditinggalkan. Gadis SMA itu mengarahkan Souta ke reruntuhan terdekat, tapi karena penasaran, dia sendiri memutuskan untuk pergi ke tujuan yang sama.

Sesampai di sana, Suzume menemukan sebuah pintu terisolasi dengan alam semesta seperti mimpi yang terletak di baliknya—sebuah tempat yang bisa dia lihat dan rasakan, tapi tidak bisa dia masuki. Sebuah batu aneh tergeletak di tanah di dekatnya, tapi batu itu berubah menjadi makhluk mirip kucing dan bergegas pergi saat Suzume mengangkatnya. Tiba-tiba ketakutan, dia kembali ke sekolahnya, tidak menyadari bahwa tindakannya membiarkan pintu terbuka akan memiliki konsekuensi.

Dengan "batu kunci" dilepaskan, kejahatan di alam semesta lain kini dapat dengan bebas melarikan diri dan mendatangkan malapetaka di seluruh Jepang. Berniat untuk memperbaiki kesalahan berbahayanya, Suzume bergabung dengan Souta—yang tujuan sebenarnya adalah mencegah kejahatan membusuk—dalam menemukan dan mengunci semua pintu yang terbuka sebelum negara ini hancur.

[Ditulis oleh MAL Rewrite]

Catatan: Sinopsis diterjemahkan secara otomatis oleh Google Translate.