Pada tahun 1973, setelah Perang Lunar enam tahun yang kejam, spesies asing bermusuhan yang dikenal sebagai BETA—Makhluk Asal Ekstra Terestrial yang merupakan Musuh umat manusia—menyerbu Bumi, membunuh miliaran orang dan menghancurkan Eurasia. Sementara BETA dapat dihancurkan dengan senjata konvensional, kelas laser mereka mampu memusnahkan seluruh armada pesawat, memaksa umat manusia untuk mengembangkan pakaian tempur raksasa yang disebut Tactical Surface Fighters (TSF) untuk memerangi mereka.

Ketika BETA mencapai Jepang pada tahun 1998, siswa sekolah militer dan pilot TSF—atau eishi—Yui Takamura diperintahkan untuk mempertahankan garis pertahanan terakhir Kyoto bersama teman-teman sekelasnya. Dengan mengorbankan nyawa manusia yang tak terhitung jumlahnya dan pengorbanan teman-teman Yui, Tentara Kekaisaran Jepang berhasil mengusir penjajah, meninggalkan kehancuran di belakangnya.

Namun, pertemuan ini membuat Yui bertekad untuk tidak pernah lagi membiarkan hal seperti ini terjadi. Tiga tahun kemudian, sekarang seorang letnan, Yui bergabung dengan proyek XFJ, program pengembangan TSF Jepang-Amerika yang berbasis di Alaska.

Dalam tim internasional yang terdiri dari pilot uji Jepang-Amerika Yuuya Bridges yang tidak kooperatif dan berbagai eishi dari negara-negara yang kalah dari BETA, tugas Yui adalah membantu mengembangkan TSF Shiranui Jepang yang baru. Di tengah ketegangan politik yang diwarisi dari Perang Dingin, Muv-Luv Alternative: Total Eclipse mengikuti misi rumit Yui dan perjalanan Yuuya untuk mengatasi iblis masa lalu yang masih menghantuinya.

[Ditulis oleh MAL Penulisan Ulang]

Catatan: Sinopsis diterjemahkan secara otomatis oleh Google Translate.